pKa för sidokedjor
pKa för sidokedjan i lysin är 10.4. Vid vilket pH är det mest sannolikt att aminosyra-sekvenser som innehåller poly-lysin bildar en alfa-helix?
Jag tänker att en alfahelix kräver vätebindningar, vilket kräver vätejoner. I en sur lösning finns det många vätejoner, och därmed borde det rätta svaret vara pH<10.4. Det är dock inte det. Hur ska jag tänka?
Vätebindningar kräver väten och FON, och de kan för amingrupper (som den i lysins sidokedja) uppstå över ett stort intervall av pH, vilket inkluderar de pH som finns med i din fråga.
Att helixen behöver vätebindningar är helt korrekt. Men ditt resonemang med att det kräver vätejoner är jag inte med på:
Jag tänker att en alfahelix kräver vätebindningar, vilket kräver vätejoner. I en sur lösning finns det många vätejoner, och därmed borde det rätta svaret vara pH<10.4.
Mängden alfahelix i polylysin ökar med ökande pH - så precis motsatsen.
Så för vätebindningarna inom alfa-helixen i polylysin kan de bildas även vid högt pH, vilket gör att protolyseringen av dessa grupper: antingen ökar chansen för vätebindning, eller att det är några andra grupper som påverkas av förändringen i pH.
