Kopplingsordning för detektion av ytreceptor med kula

Vad kommer uppgiften ifrån?

En gammal tenta, sanma kurs, anlays av biomolekyler

Min gissning är ganska enkel. Det första jag anmärker är att biotin/strep är mycket starkare än CD69/anti-CD69, så en enkel förklaring kan vara att vid det första tillvägagånggsättet utsätts cellerna för två tvättningar medan i andra bara en, så det är större risk att kulorna tvättats bort. Är det rimligt?

Affiniteten kan spela roll (men affibodies kan efter maturation fås med affinintet ner mot pM, vilket inte ligger så långt från biotins affininitet för streptavidin).

Har du funderat på hur geometrin kan påverka inbindningen?

Kulans lilla yta kan mer eller mindre täckas av streptavidin i ofantligt antal. Till skillnad från cellens betydligt större yta med färre kopior av CD69-molekyler  (som konkurrerar om utrymme med alla andra ytproteiner, glykaner m.m.). Om en andel av din affibody tvättas bort från kulorna spelar detta nog ingen roll för sannolikheten att affibody-CD69 träffas och binder (fler kopior och sannolikt högre affinitet), men om cellerna tappar samma eller mer av affibody har det nog en större påverkan på inbindningen.

Okej... Du säger alltså att kulorna har mycket fler strep än vad cellerna har CD69? Det hade jag inte kommit att tänka på själv.

Kulorna i bilden är alltså inte i rätt skala? Hur mycket mindre är kulorna än cellerna?

Ditt tidigare svar om affiniteten ligger närmare till hands för ett kort svar.

Så denna diskussion om storlekarna kanske ligger utanför vad frågeställaren fiskar efter.

Men kulorna är nog inte till skala utan mer illustrativa. Vi vet inte vilken typ av kulor det är i uppgiften men denna jämförelse är mellan olika typer av kommersiella beads:

Som jämförelse har en T-cell en diameter på ~7 µm, så 70 gånger den svarta storleksmarkören i bilden (typ 140 cm i diameter, med den skalan). CD69 bör inte ha en större diameter än 2-3 nm, så ungefär samma som B i bilden.

Åh jag trodde att du menade att min gissning var fel!

Okej... Trevligt att bekanta sig lite med längdskalorna i protein och cell sammanhang. 70ggr var ganska mycket, men inte lika mycket som jag förväntade mig.

Inte hundra på att din gissning är 100 :), beror på hur avancerat svar som önskas för 2p. Är hela tentan på 40p kanske det räcker. 70 ggr är inte så stor skillnad för diametern, men om du istället tänker på ytan och volymen...

Ja du gissade rätt totala poängen är 40, läraren kanske hade godkänt det.

Ja ytan blir 70^2 större...