proteiner

Eli123be skrev:

Hej!

Jag ska beskriva hur nukleinsyror bildar proteiner och sedan beskriva hur olika proteiner kan se ut och vad de kan användas för.

Aminosyror är beståndsdelarna vid bildning av proteiner.

 

 

Jag har fastnat lite på besrkivningen av proteiner och deras användningsområden. Jag har dels beskrivit gobulära och fiberproteiner. Men förstår inte riktigt hur dessa förhåller sig till de 4 olika strukturnivåerna. Kan man säga att aminosyrornas strukturer kan delas in i olika strukturnivåer, och sedan att proteiner brukar indelas i 2 grupper fiberproteiner och gobulära proteiner?

Nej inte riktigt. Proteiners struktur brukar delas upp i fyra nivåer, och detta gäller för samtliga proteiner - det är ett sätt att förklara hur proteinets tre-dimensionella struktur formas från de andra nivåerna (och hur flera enheter kan ge upphov till kvartärstrukturen).

Den indelning du börjat göra, mellan globulära (lösliga i vätska) och fibrösa proteiner (inte alls lösliga i vätska, eller delvis lösliga i vätska), är mer baserat på proteinets löslighet i och utanför celler, alltså om proteinet kan finnas löst i vätskan.

Om du fortsätter med denna indelning bör du nämna även membranproteiner bland typerna av proteiner (som inte är lösliga i vatten utan i fosfolipidmembranen).

 

och är fiberproteiner enbart i hår och naglar osv. För det fanns en massa olika indelningar av gobulära proteiner såsom försvarsproteiner men inga för fiberproteinerna? 

Det finns flera typer av fibrösa proteiner, kollagen är t.ex. ett. Det beror lite på hur du väljer att definiera fiberproteiner, är det proteiner som liknar fibrer, eller proteiner som bildar olösliga fibrer.

 proteinets tre-dimensionella struktur formas från de andra nivåerna (och hur flera enheter kan ge upphov till kvartärstrukturen).

Tack för en superbra och hjälpsam beskrivning! Sedan har jag en fråga angående citatet ovan, är enheterna den tredimensionella strukturen? Sedan har jag även läst lite om bindningar som skapar strukturerna, är det så att vissa intermolekulära bindningar förekommer i vissa specifika strukturer, eller kan alla förekomma i alla strukturnivåer?

Ja precis proteinernas tertiärstruktur, anger om de kan eller inte kan binda till andra enheter och bilda kvartenärstruktur.

Intermolekylära interaktioner/bindningar sker mellan olika molekyler (de individuella tre-dimensionella proteiner i detta fall), men det är så klart inte hela proteins struktur som deltar, utan delar av proteinstrukturen - t.ex. en sida (där de sekundärstrukturer som finns där interagerar, t.ex. alfa-helixar/beta-flak, loopar eller t.o.m. linjära strängar som saknar sekundärstruktur).

Inom biologin är interaktioner mellan proteiner viktiga, och de interaktioner som kan ske är specifika, ofta begränsade till ett par proteiner. I t.ex. hemoglobin kan fyra monomerer (=de enskilda tredimensionella strukturen, d.v.s tertiärstrukturen) binda till varandra, men i två olika kombinationer (alfa/beta eller gamma/beta) för att bilda den funktionella kvartenärstrukturen (4 monomerer, som t.ex. 2 alfa/2 beta). Men det är endast dessa kombinationer som går, hemoglobinets monomerer kan inte binda till och bilda proteinkomplex med andra proteiner. Transkriptionsfaktorer (TF) i cellkärnan kan binda till DNA och/eller andra TF, samt RNA-polymeraset - men inte till enzymer som används av cellen för att bilda energi.

Då de enskilda proteinernas struktur är så pass komplex sker inga "slumpmässiga" interaktioner, utan ett protein har genom evolutionen utvecklats tillsammans med sin interaktionspartner under lång tid. Övergripande är interaktionstyperna (vätebindningar, hydrofoba-/jon-interaktioner etcetera) de samma, men kombinationerna av dessa är unika - det finns trots allt ett tjugotal aminosyror att välja mellan för en position i en interagerande alfa-helix om t.ex. 16 aminosyrarester.

Så ett protein kan alltid beskrivas utifrån alla  4 strukturnivåer?

om jag förstod det rätt så används de olika strukturnivåerna för att beskriva hur olika delar i ett protein skapar en 3d struktur samt hur olika proteiners 3d struktur kan bilda en tertiärstruktur? 

Eli123be skrev:

om jag förstod det rätt så används de olika strukturnivåerna för att beskriva hur olika delar i ett protein skapar en 3d struktur samt hur olika proteiners 3d struktur kan bilda en tertiärstruktur? 

Ja, så kan du beskriva det.

Ett proteins struktur kommer av primärstrukturen =som ger => sekundärstrukturen => tertiärstrukturen (proteinets tre-dimensionella struktur).

Vissa proteiner kan även bilda större komplex, där flera molekyler (deras tertiärstrukturerna) kan bilda kvartenärstrukturer. Dessa kvartenärstrukturer kan bildas av flera kopior av ett och samma protein, eller olika proteiner.

Tack så jättemycket nu hänger jag med :)