Aktivering av fettsyra/aminosyra med AMP
Hej!
I min bok skrivs formeln för aktivering av fettsyror såhär:
RCCO- + CoA + ATP + H2O --> RCO-CoA + AMP + 2 Pi + 2 H+
1. En av vätejonerna kommer ju från När HS-CoA binder till fettsyran, för då friges ju H, men var kommer den andra från? När ATP reagerar med fettsyran och bildar RCCO-AMP och PPi så friges väl ingen vätejon, eller (det är inte medskrivet i min bok iallafall)? Eller så kanske jag har missförstått den delen av reaktionen, men används vatten för att bryta ATP och binda AMP till i det här fallet fettsyran (samma sak sker ju aminosyror ska laddas till tRNA)? Jag vet att PPi sedan hydrolyseras och bildar 2 Pi, men borde inte båda H i H2O gå till de nya fria fosfatgrupperna isåfall?
2. Var kommer O ifrån i bindningen mellan fettsyra/aminosyra och AMP? När de ritar ut för fettsyra och AMP kan man ej se O (men de skriver ju RCO-AMP, vilket jag tolkar som att O kommer från AMP?), men för aminosyra och AMP är strukturen utritad och då ser det ut som att O kommer från aminosyran, men sedan när aminosyran binder in till tRNA så verkar O komma från tRNA?
sund20 skrev:Hej!
I min bok skrivs formeln för aktivering av fettsyror såhär:RCCO- + CoA + ATP + H2O --> RCO-CoA + AMP + 2 Pi + 2 H+
1. En av vätejonerna kommer ju från När HS-CoA binder till fettsyran, för då friges ju H, men var kommer den andra från? När ATP reagerar med fettsyran och bildar RCCO-AMP och PPi så friges väl ingen vätejon, eller (det är inte medskrivet i min bok iallafall)? Eller så kanske jag har missförstått den delen av reaktionen, men används vatten för att bryta ATP och binda AMP till i det här fallet fettsyran (samma sak sker ju aminosyror ska laddas till tRNA)? Jag vet att PPi sedan hydrolyseras och bildar 2 Pi, men borde inte båda H i H2O gå till de nya fria fosfatgrupperna isåfall?
Reaktionsformeln du skrivit av från boken är en sammanfattning av flera reaktioner.
I enzymet binder fettsyran till ATP, och i samband med detta klyvs PPi bort, sedan binder CoA till fettsyran samtidigt som AMP klyvs bort. (ena protonen)
Fristående från reaktionerna i enzymet, hydrolyseras PPi till två fosfatjoner (Pi), och i detta steg är vatten den andra reaktanten. I samband med detta steg ersätts den delade fosfoesterbindningen, med en vattenmolekylen på den ena fosfaten, medans den andra fosfaten har kvar "sitt syre", det som kopplade ihop fosfatgrupperna, som en hydroxylgrupp. Vattnet bildar m.a.h. en extra bindning (den till fosfatgruppen), motsvarande P-OH2+ , som hydrolyseras till en hydroxidgrupp P-OH (andra protonen).
2. Var kommer O ifrån i bindningen mellan fettsyra/aminosyra och AMP?
Inte på vad du menar med "aminosyra"? Du kanske menar CoA? CoA är en kofaktor som består av flera delar än "bara" aminosyradelen, det bildas av vitamin B5, en aminosyra och en adenylgrupp från ATP.
När de ritar ut för fettsyra och AMP kan man ej se O (men de skriver ju RCO-AMP, vilket jag tolkar som att O kommer från AMP?), men för aminosyra och AMP är strukturen utritad och då ser det ut som att O kommer från aminosyran, men sedan när aminosyran binder in till tRNA så verkar O komma från tRNA?
Ta en titt på engelska wikipediasidan för reaktionen så blir det nog klarare, varifrån respektive syre kommer:
https://en.wikipedia.org/wiki/Long-chain-fatty-acid%E2%80%94CoA_ligase
