Aminosyror
Hejsan! I mina gamla anteckningar har jag ritat en bild på hur aminosyror interagerar med varandra beroende på dess sidokedjor, men glömt bort en sak. Symboliserar de runda ringarna HELA aminosyran eller en viss del av aminosyran?
Och med sidokedjor - menar man R gruppen eller karboxyl/aminogruppen? Eftersom pH ändringar påverkar även laddningen på karboxyl/aminogruppen. Blir då hela aminosyran den laddningen?
R-gruppen är sidokedjan. Aminogruppen brukar visas som -NH3+. Och karboxyterminalen som -COO-.
Vad som är vad i din bild är lite svårt för oss att veta, men ringarna ser ut att vara exempel på olika interaktioner som kan finnas (beroende på vilken aminosyra det är).
Aminosyror interagerar med varandra på alla de sätt de kan: den delade peptidbindningen, med sidokedjorna, och även alfa-kolet/aminogruppen/karbonygruppen.
Ringarna med "op" i innebär opolärt. Ringarna med + och - innebär laddade. Ringarna med "p" i innebär polärt.
Men då undrar jag... vad är det som är polärt/opolärt/laddat? Är det HELA aminosyran i sekvensen eller en del av den? I så fall vilken del?
(Med "vilken del" menar jag att om vi t.ex. höjer pH kommer kaboxylterminalen att avge en proton och bli minusladdad. Men om samma aminosyra exempelvis består av en R grupp som också är laddad, + eller -, vilken del är det som interagerar?)
