Cellmembranet lab - ammoniak, olika färg på provrör först och efter ett tag - varför?

Hej! 

Vi håller på med en lab om cellmembranets permeabilitet och använder jästceller, ammoniak, natriumhydroxid och neutralrött (som indikator).

I ett provrör finns det en vattenlösning med jästceller, NaOH och några droppar neutralrött. Detta centrifugeras. Då blir pelleten röd och supernatanten orange. Detta tyder på att neutralrött kan tränga sig in i cellmembranet, och där färgas den röd eftersom pH inte längre är basiskt där. Detta förstår jag, men när sedan ammoniak även tillsätts i denna lösning och därefter centrifugeras, så kommer lösningen först att vara HELT orange först för att sedan efter ett tag skikta sig och bilda en röd pellet och orange supernatant. Jag förstår inte riktigt varför detta sker efter ett tag.

Jag förstår att cellen blir orange först efter tillsats av ammoniak eftersom denna molekyl kan ta sig igenom cellmembranet och då färgar cellen orange pga ammoniak=basisk, men jag förstår inte varför cellerna sedan färgas röda, efter ett tag...

Väldigt tacksam för om någon skulle vilja hjälpa mig på spåren.