Genetik: homolog rekombination

Qetsiyah skrev:

Hej, jag undrar om mismatches under homolog rekombination.

Visst msåte det vara så att sense alltid byts mot antisense vid rekombination? Annars får vi massor av baser som paras med samma bas på andra sidan vilket inte går (om vi antar att de allra flesta baser är samma i homologa kromosomer)

Jag hänger inte riktigt med på vad du menar här. Utifrån att du nämner kromosomer, antar jag att du menar den homologa rekombinationen under meiosen. Under denna typ av rekombination sker ett utbyte av dsDNA mellan de homologoa kromosomerna. Så jag får inte ihop detta med "sense alltid byts mot antisense".

Jag förstår att om mamma och pappan skiljer sig på en plats med ett pyramidinpar och ett purinpar så finns det noll chans att det blir en match vid rekombination (oavsett sense eller antisense).

Men om tex mamman har A och pappan T (sense strand) och jag antar det jag skrev ovan så blir det ju en mismatch eftersom A paras med A och T paras med T.

Så det betyder att när mamma och pappa skiljer sig så spelar det ingen roll vilken av de tre "fel" baserna den andra  föräldern har, risken för mismatch vid rekombination är 100%?

Här är det det handlar om:

Du behöver inte läsa allt men titta bara på bilden i slutet av andra bilden.

Det är självklart att A-T och G-C inte kommer passa efter rekombination oavsett vilka sidor som är sense eller anti-sense, så boken gör det lite enkelt för sig när de tar ett pyramidinpar och ett purinpar som exempel. Därför undrade jag vad som hade hänt om övre kromosomen i bilden var A-T (så som det är nu) men undre var också ett purinpar dvs A-T eller T-A.

(Det här var trevligt att lära sig om. I gymnasiet minns jag att "crossing over" nämndes på det flummigaste sättet, och vår lärare gjorde ingen referens till andra böcker man kunde läsa eller att "oroa er inte för detta är överkurs men ni kommer lära er det senare om ni pluggar X eller Y...", då fick jag intycket att man helt enkelt inte visste, men det gör man ju.)

Okej nu är jag med på frågan, som var lite mer på djupet än vad jag initialt tolkade det som. Jo wobble mismatch (som i din bok) är ett lättare exempel. Om mismatch i stil med A-T med T-A sker väl det med, med resultatet borde väl bli det samma? D.v.s. mismatch repair från antingen leading eller lagging strand, med konservering av den ena kromosomens sekvens vid just mismatch positionen.

Jomen precis, det var det jag trodde. tack tack

För all del, kul frågeställning, som jag inte riktigt behövt fokusera något djupare på tidigare.

En egen reflektion är att det borde finnas en (statistisk/strukturell) preferens för vilken sträng som skall tolkas som "mallen", och på så vis biaserar vilken sekvens som mismatchen repareras till. Det känns inte långsökt att  metyleringsmönster, minor/major groove position, samt protein-DNA interaktioner skulle kunna leda till att en av strängarna oftare tolkas som "mallen", men det är mest en fundering. För på även om konserveringen av leading eller lagging strandsekvensen för den mismatchande basen verkar kunna ske stokastiskt, borde utfallet påverkas av hur DNA-strängarna och DNA-interagerande proteiner kan komma åt och initiera reparationen. Men jag vet inte på rak arm om/hur detta skulle ske.