Hur vet man vilka bindningar som bryts? Proteiners strukturnivåer - denaturerande
Hej, min lärare säger alltid att det är viktigt att tänka på bindningar och vilka som bryts när man tillsätter ett salt eller pH förändringar. Men jag fattar inte, hur kan man veta vilka bindningar som bryts?
Det jag har för mig är att primärstrulturen inte påverkas eftersom den hålls ihop av starka kovalenta bindningar och disulfidbryggor. Men sekundärstrukturen och tetiärstrulturen kan påverkas. Men hur ska man veta vilka bindningar som bryts?
Du får titta på vilka aminosyror som ingår. Finns det några aminosyror som har sura eller basiska sidokedjor? Vilka sidokedjor kan påverkas av en salttillsats?
Okej, och när det gäller salttillsats då ska aminosyrornas sidogrupper bilda fällning t ex om vi tillsätter saltet ammoniumsulfat
Vad menar du att det skulle bildas för fällning vid tillsats av ammoniumsulfat?
Dels blir det surt från ammoniumjonerna, dels blir koncentrationen av joner högre vilket även borde kunna påverka polära sidokedjor.
Fäller inte proteinet om man tillsätter ett salt t ex vid metoden utsaltning?
Jo det stämmer att proteiner kan fällas ut med ammoniumsulfat, väldigt reproduceras och ett effektivt sätt att fraktionera enskillda proteiner - då de var och en fäller ut vid en specifik koncentration av ammoniumsulfat.
Det bästa med den metoden är att proteinet ofta går att lösa upp igen genom utspädning av ammoniumsulfaten genom tillsats av t.ex. buffert.
pH påverkas i begränsad grad då ammoniumjonerna balanseras av sulfatjonerna.
Som Sma. nämnde påverkar pH vissa aminosyror, på vilket vis tror du?
Vilka andra interaktionskrafter finns det som upprätthåller den korrekta proteinstrukturen?
Hur tror du dessa påverkas av ändrat pH (delvis genom de protonerbara sidokedjorna)?
Tetiärstrukturen hålls ju upp av vätebindningar, disulfidbryggor, elektriska krafter samt hydrofon effekt. Så dessa borde väll påverkas?
Du menar hydrofob effekt, inte hydrofon. Ja dessa påverkas - vätebindningarna påverkas om det finns gott om joner i närheten, disulfidbryggorna förstörs om saltet innehåller tungmetalljoner, de elektriska krafterna påverkas om pH förändras.
Ja, hahah. Min tumme var lite snabb där. Men det var det jag menade. Tack mag1 och smaragdalena för hjälpen :)
