Isoelektrisk punkt
Hej om jag ska vara ärlig förstår jag inte mycket alls av biomolekyler.
Detta är uppgiften se nedan. Det jag tänker är att jag kollar på den pI värdet i formelsamlingrn och när pH är större än pI kommer den vara negativt laddad och om pH är mindre än pI kommer den vara positivt laddad. Då skulle i a uppgiften Arg och Cys vara positivt laddade. Och i b uppgiften är alla positivt laddade. Detta stämmer inte, och jag har ingen aning hur jag ska tänka. Snälla hjälp mig förstå detta. Tack på förhand.
I och med att det i uppgiften är en polypeptid, där aminosyrorna har kondenserats och nu sitter ihop med peptidbindningar, så finns det endast en aminoände och en karboxylsyraände, samt sidokedjorna.
Men sidokedjan i aminosyran cystein, är en tiolgrupp. Den kan tyckas likna en hydroxigrupp (- SH och -OH) men den har lite andra egenskaper och protolyseras inte på samma vis. Cysteinets tiolgrupp kan inte vara positivt laddad, men den kan protolyseras.
Fram för allt utmärker sig cystein genom att dess tiolgrupp kan reducera andra ämnen, och skapa en kovalent bindning till en annan atom, motsvarande en disulfidbindning (där två cysteiner har en kovalent bindning till varandra via tiolgrupperna i deras sidokedjor).
Så om du bortser ifrån cystein och tittar på uppgiften igen, hur ser det då ut med laddningen på denna polypeptid?
Okej tack!! Då förstår jag a-uppgiften. Men i b, då blir val positivt laddad, vilket jag antar måste bero på att aminogruppen tar upp en proton för att minska oxoniumjonkoncentrationen. Men sen blir även Leu neutral, vilket måste bero på att C-terminalen upptar en proton, men varför blir Arg också positivt laddad?
Vilket är pI för arginin? Eller vilket är pKa värdet för arginins sidokedja?
Arginin har pI = 10,76 , pH är större än pI och då måste Arg vara positivt laddad. Hur hänger det ihop med pHa värdet??
Ja arginins sidokedja är positivt laddat vid pH 1.
Anledningen till att jag föreslog att du skulle titta på pKa värdena, var att när en aminosyra har två peptidbindningar, är det endast sidokedjans grupp som kan delta som syra/bas.
Så om du tittar på aminosyrans pKa värden, får du direkt en uppfattning om sidokedjan har tagit upp eller lämnat ifrån sig en proton (vid det pH du har).
Aminosyrans pI värde gäller när det är en fri aminosyra (10,8 för arginin), men du har en peptid så och då är det sidokedjans pKa (9) som kan påverka laddningen på peptiden (för de andra grupperna är del av varsin peptidbindning).
I och med att en peptidbindning bildas elimineras en vattenmolekyl, och det som finns kvar är en aminosyrarest (med betoning på rest), och denna aminosyrarest har liknande men lite annorlunda egenskaper jämfört med den fria aminosyran.
Jaha okej, hur vet du att pKa värdet är 9? Det finns inte i min formelsamling.
Tänker man då på samma sätt att pKa > pH och då är den positivt laddad? Eller är det för att man vet att det är en bas utifrån pKa värdet och då måste den vara positivt laddad eftersom det vid pH 1, är ett överskott av oxoniumjoner?
Tack för du frågade! Jag angav fel pKa (sorry), rätt är 12-13 för sidokedjan.
Du kan testa att googla t.ex. "pka arginine" eller kolla engelska versionen av wikipedia. Dessa pKa värden är nog inte riktigt vad som behövs på Ke2, och saknas nog därför i din formelsamling.
Kopplingen pKa - pH och laddning beror på vilken aminosyra det är, de sura blir t.ex. neutrala, men aldrig positiva.
Ja i princip så stämmer det att med en bas så blir den övergripande laddningen positiv för de basiska aminosyraresterna vid ett så lågt pH. Skulle det vara den fria aminosyran arginin skulle laddningen vara 0 (karboxylsyragruppen), +1 (aminogruppen), +1 (sidokedjan), d.v.s. laddningen skulle vara +2.
Men för argininresten i din peptid är laddningen +1, men det finns ju flera laddningar som påverkar hela peptidens laddning.
