Klyvning
När en procaspas stimuleras till att klyvas (av pro-apoptopiska proteiner som stimuleras och anti-apoptopiska som hämmas) genom exempelvis intrinsic eller extrinsic pathway för att aktivera caspaser, är det prodomänen som klyvs bort för att aktivera de?
Sedan förstår jag inte heller exakt VAD det är som binder in till asparginsyra som finns mellan prodomän-stor subenhet och stora subenheten-lilla subenheten som möjliggör klyvningen? (Ett enzym? Men är det något speciellt?) Jag tror jag missat någon detalj med detta. Rätta mig om något är felaktigt.
Klyvning mellan pro-domänen och resten av proteinet ökar aktiviteten, men för funktionen är klyvningen mellan den stora och den lilla subenheten den kritiska. När klyvningen mellan stora/lilla sker, ändras konformationen av loopar så att den substratbindande och aktiva ytan uppstår.
Gällande asparginsyran är jag inte riktigt på det klara med vad du menar. Kaspaser klyver generellt vid den C-terminala änden av en asparginsyra, denna aminosyra utgör på så vis en del av sekvensen i de proteiner som skall klyvas.
