Mikrobiologi - GLO & PV92
Hej! Snart har jag ett skriftligt prov i mikrobiologi som handlar om två laborationer vi har genomfört: GLO och PV92. På tidigare prov har frågorna ofta handlat om saker jag inte riktigt varit förberedd på, så jag vill verkligen plugga på rätt saker och vara redo för allt som kan komma.
Min lärare sa att frågorna troligen kommer att vara av typen: Förklara momenten, vilken funktion de hade och hur man tolkar resultaten.”
Men detta inkluderar hur mycket som helst...Vilka typer av specifika frågor kan jag förvänta mig? Vad är viktigt att verkligen ha i benmärgen? Har någon tips på möjliga frågor eller saker jag absolut borde kunna (utöver the obvious).
Tusen tack på förhand! Detta prov kommer att avgöra mitt betyg i kursen, vilket även avgör om jag kommer in på drömutbildningen eller inte. :)
Hej!
Sent svar nu, men det låter som om det svara läraren efterfrågar är det som finns i laborationsrapporten, som du nog redan har skrivit. Hur och varför ett moment görs kan som du skriver beskrivas översiktligt som "X gjordes för att få fram endast Y som material, och inte Z". Skall sedan bakgrund ges för hur detta sker rent kemiskt/biologiskt behöver du nog begränsa dig i vad/hur mycket du svarar.
Det låter på vad du beskriver som att det nog är en essäfråga, så att kunna resonera kring hur delarna hänger ihop ingår. Ofta kan man få se ett tidigare prov, som då visar hur frågorna är, och ibland även ett exempelsvar.
Har du några specifika frågor kan du alltid ställa dem här.
Hej! Ingen fara alls. Provet är inte förrän nästa vecka. :D Det skrevs tyvärr inga labbrapporter och inga gamla prov finns, därför fann jag en svårighet i att plugga inför detta prov. Något särskilt som jag fortfarande inte kan är gelelektrofores, hur det kan användas vid faderskapstester samt hur resultat läses av på plattor. Vad ska man jämföra och titta på för att se om Alu sekvensen finns där eller inte?
Hur elektrofores fungerar finns beskrivet, men övergripligt så är det en metod för att separera molekyler (oftast) baserat på deras olika storlek, och molekylerna fås med en elektrisk spänning att röra sig från ena änden av en gel (agarosgel för DNA, men andra gelmaterial används även t.ex. för proteiner). Och mindre molekyler rör sig snabbare än större och kommer hinna färdas en längre sträcka i gelen - på så vis fås separationen, på liknande vis som vid t.ex. papperskromatografi och TLC. Sedan dektekteras (kallas även visualiseras) var t.ex. DNA finns, och enskilda molekyler med samma storlek kommer att ses som "band" på gelen.
I PV92 (och även riktiga faderskapstest) används PCR för att med specifika primrar försöka amplifiera (=skapa massvis av kopior av) unika DNA sekvenser hos fadern. Finns de unika DNA-sekvenserna i faderns DNA, kommer det bildas kopior under PCR reaktionen. Och bildas det kopior kan detta ses som band under agaros-elektroforesen.
Och när motsvarande görs hos barnet, kan man jämföra hur väl banden (d.v.s. de unika DNA sekvenserna) matchar mellan barnet och fadern - är matchningen tillräckligt hög kan man fp en sannolikhet på X % att fadern är barnets eller inte.
Det är dock inte en enstaka unik sekvens som används vid riktiga faderskapstest, utan flera för att öka träffsäkerheten.
Tusen tack! Jag har några sista frågor innan provet om det är okej. :D
Är det så att InstaGene innehåller kulor som binder magnesiumjoner, för att dessa i vanliga fall är co-factors till DNA nedbrytande enzymer? Och målet är att hindra nedbrytningen av DNA efter upphettning då dessa frigjorts från celler? Men när det sedan är dags för PCR, tillsätts magnesiumjoner (finns i MasterMix) som är en co-factor till Taq-polymeras så att denna hjälper till att bygga komplementära DNA strängar?
Mycket rörigt, hoppas du förstår vad jag menar.
----------------------------
Ett steg i labben om pGLO lades CaCl2 i ett isbad i några minuter (varken plasmider eller bakterier fanns i lösningen då), vad är målet med det?
Fick ta en titt på vad tillverkaren skrev, men det verkar vara som du beskriver att instaGenekulorna binder bl.a. magnesiumjoner (kelerar kallas detta även, när joner binds av ett annat ämne och bildar ett jon_ämne komplex). Detta gör att de DNA nukleaser (=enzymer so m bryter ned DNA) inte kan binda magnesiumjoner, som de behöver som kofaktor. Effekten blir att den enzymatiska aktiviteten hos nukleaserna försvinner, och DNA inte bryts ned. Sedan verkar det som om kulorna också hjälper till att få denaturerade proteiner och rester av cellerna att "gegga ihop" och bilda större partiklar, som enklare kan separeras m.h.a. centrifugering.
När det framrenade DNA skall användas i t.ex. PCR behöver magnesiumjoner tillsättas, då det är en kofaktor för DNA-polymeraset (t.ex. Taq), så att nytt DNA kan syntetiseras.
Under pGLO och CaCL2 kanske detta var under en inkubation tillsammans med DNA? Kalciumjonerna bildar gärna komplex med DNA (positiva och negativa laddningar), och detta komplex som är ganska stabilt, gör att DNA lättare kan tas upp av bakteriecellerna.
Jag skrev precis det på provet! :D Tusen tack!
