NaOH+HCL -->Na + CL + H2O

Ingendera är rätt.

Det är absolut nödvändigt att markera att natruim och klor är joner, inte atomer.

NaOH+HCL -->Na(+jon)+ CL(-jon) + H2O

men enligt neutralisation så när vi blanda en syra med en bas så ofta får vi vatten och salt, hur ska jag förklara detta i ovanstående reaktionsformel  

Så här skulle jag skriva:

NaOH(s) --> Na⁺(aq) + OH^-(aq)

HCl(g) + H₂O --> H₃O⁺(aq) + Cl^-(aq)

H₃O⁺ + OH^- --> 2H₂O

totalreaktion Na⁺(aq)+ OH^-(aq) + H₃O⁺(aq) + Cl^-(aq) --> Na⁺(aq)+ Cl^-(aq)+ 2H₂O

Din första reaktionsformel skulle ha varit OK om du hade skrivit "Cl"men när det står CL är det inte acceptabelt. Man måste vara löjligt petig med stora och små bokstäver i kemi!

Ja, du har rätt.

Varför Na-jon reagera inte med Cl-jon och bildar en salt NaCl?

Så länge det finns vatten kvar, så är saltet upplöst i det, d v s i jonform. Om vattnet får avdunsta, får man fram NaCl(s).