När mRna sekvensen har kodon AUG
Hej!
Vi har genetikprov snart och jag har börjat arbeta med instuderignsfrågor.
För att besvara en av dem måste jag avkoda mRNA-sekvenser och lista ut vilken aminosyra som varje kodon kodar för.
Frågan handlar om sickelcellanemi och fungerande hemoglobin. Jag ska försöka lista ut svaret själv men har fastnat. När AUG startar en sekvens innebär det att aminosyran som AUG kodar för (methionine) också startar proteinkedjan? Innebär det att varje proteinkedja har en Met, precis som att nästan alla mRna strängar oftast har en Poly-A svans?
vår lärare har skrivit att "OBS! “...//…AUG...//…” och “...//...STOPP...//…” innebär att mRNA-sekvensen har nukleotider både innan och efter den redovisade RNA--sekvensen. OBS!" men det är användbart senare... men hur?
okej, nu har jag avkodat sekvenserna och fick att normala hemoglobinet (utöver star och stop aminosyra) består av
Val - Asp - Leu - Thr - Pro - Glu - Glu
den första sekvensen med punktmutation hade fel bokstav, den kodade ungefär detsamma men ist. för det näst sida Glu fanns ett Val
i den andra sekvensen kodade sekvensen för STOP när den egentligen borde ha kodat för det näst sista Glu aminosyran
i den tredje sekvensen byttes samma Glu ut mot Gin (dessa borde vara ungefär lika eller hur? Glu är glutamic acid och Gin är glutamine)
i den fjärde ledde punktmutationen inte till något, det var fortfarande samma aminosyra.
i den femte kodade sekvensen för Glycine (Gly) istället för det sista Glu.
Jag antar att den andra punktmutationen är allvarligast eftersom att när kodonen för stop avläses så släpper ribosomen taget om mRna:t och därför hinner inte kedjan bli fullständig (det fanns ju nukleotider innan och efter det som jag avkodade)
Den första trippletten som translateras från mRNA till aminosyrasekvensen, är metionin så generellt stämmer det att proteinkedjor har metionin i början. Men alla färdigbildade proteiner har inte metionin först i aminosyrasekvensen, bl.a. för att metionin klyvs bort och återanvänds.
Vilken punktmutation som är mest skadlig för cellen/organismen, beror lite på hur det bildade proteinets struktur påverkas. Nu kanske du inte vet var i proteinsekvensen som dessa mutationer finns (?), motsvarande vart i proteinets struktur förändringen finns.
Gin är förresten inte en förkortning för en aminosyra, men Gln (med lilla L) är förkortningen för glutamin, som även den är polär, men skiljer sig från glutaminsyra (ta en titt på deras sidokedjor).
tack för hjälpen! det låter bekant att behöva kolla på deras sidokedjor och kemiska struktur, men det kanske beror på att min biologilärare älskar kemi...
vi fick tyvärr ingen information om vart i sekvensen punktmutationen befinner sig men jag skulle kunna resonera kring varför de andra inte är "lika" skadliga som den andra med hjälp av polaritet och proteinets 3d struktur etc. på det sättet får jag ett mer informationpackat svar!!
Att proteinkedjans bildning avbryts kan nog, som du skrev, påstås vara det värsta, så länge det sker i början/mitten av proteinkedjan.
Sidokedjorna är viktiga, t.o.m. avgörande. Resten av aminosyran, den del som är generell för alla aminosyror, bidrar till strukturen. Men genom de olika aminosyrornas unika sidokedjor fås ytterligare kemiska egenskaper, och summan av alla dessa bidrag/egenskaper ger tillsammans ett protein sin specifika struktur. Det är m.a.o. en kombination av alla molekylers egenskaper och interaktioner som ger proteinet sin struktur. Och genom strukturen fås funktionen, t.ex. ett enzyms aktivitet.
Vilken konsekvensen av att en mutation leder till att en enstaka aminosyra byts ut, kan variera ifrån ingen till att proteinet helt förlorar sin funktion, eller bryts ner etcetera.
Tillägg: 12 feb 2023 17:20
Det är m.a.o. en kombination av alla molekylers egenskaper och interaktioner som ger proteinet sin struktur.
Det är m.a.o. en kombination av alla delars egenskaper och interaktioner som ger proteinet sin struktur.
(Det är trots allt en och samma molekyl i proteinet)
