pH för spontan klyvning av peptidbindning
Hejsan,
En tentafråga som jag lite hakat upp mig på ser ut såhär:
"Bildande/klyvning av kovalenta bindningar katalyseras i cellen av enzymer. Ex. proteaser som katalyserar klyvning av peptidbindningar. Finns det något pH vid vilket den okatalyserade reaktionen (utan enzym närvarande) skulle kunna vara någorlunda effektiv? Motivera (mekanism krävs inte)!"
Svaret är enligt facit nej, då vi inte simultant kan få en bra nukleofil för attack, och en bra lämnandegrupp. Men borde det inte kunna ske vid extremt höga/extremt låga pH - alltså så extrema pH att det bara ignorerar om vi har en bra lämnandegrupp/bra nukleofil eller inte.
Jag kanske bara övertänker, men jag begriper inte riktigt hur svaret kan vara så absolut nej.
Jodå. Om man kokar ett protein i tex. saltsyra i flera timmar så knäcker man alla peptidbindningar. Har gjort det på kurslabb (på stenåldern) med ett hårstrå sen kört papperskromatografi för att identifiera aminosyrorna.
matstnilsson skrev:Jodå. Om man kokar ett protein i tex. saltsyra i flera timmar så knäcker man alla peptidbindningar. Har gjort det på kurslabb (på stenåldern) med ett hårstrå sen kört papperskromatografi för att identifiera aminosyrorna.
Tack för ditt svar. Jag antar att jag ändå ska hålla mig till examinatorns rättningsmall, men känns bra att veta att jag inte var helt ute och cyklade. Så det är bara peptidbindningarna som klyvs då alltså? Minns du hur mekanismen ser ut?
Formuleringen "någorlunda effektivt" i frågan, anger gränserna för vad som kan anses vara ett svar "ja" på frågan.
Även med stark syra eller bas är reaktionen långsam och aktiveringsenergin hög, men visst reaktionen kan ske. Klyvningen sker dock långt ifrån spontant under "biologiska" omständigheter. Tillförs massvis med energi (t.ex. kokningen matsnilsson nämnde) så ökar sannolikheten att reaktionen sker, samt när pH avviker från neutralt.
Det finns i alla fall två icke-enzymatiska mekanismer, som på engelska kallas "scisson" respektive "backbiting".
mag1 skrev:Formuleringen "någorlunda effektivt" i frågan, anger gränserna för vad som kan anses vara ett svar "ja" på frågan.
Även med stark syra eller bas är reaktionen långsam och aktiveringsenergin hög, men visst reaktionen kan ske. Klyvningen sker dock långt ifrån spontant under "biologiska" omständigheter. Tillförs massvis med energi (t.ex. kokningen matsnilsson nämnde) så ökar sannolikheten att reaktionen sker, samt när pH avviker från neutralt.
Det finns i alla fall två icke-enzymatiska mekanismer, som på engelska kallas "scisson" respektive "backbiting".
Okej, får läsa igenom frågorna extra noga helt enkelt. Tack för hjälpen!
Jo ibland är tentafrågorna medvetet luriga, för att både testa om studenterna kan det generella konceptet, och sedan om de kan relatera det till ett specifikt sammanhang.
Din tanke var helt rätt, det går ju att bryta peptidbindningen utan katalysator.
