Varför är trypsin föredraget vid peptide mass fingerprinting (PMF)?
Hej, det är frågan. Detta från denna hemsida https://www.creative-proteomics.com/blog/index.php/protein-identification-peptide-mass-fingerprinting-pmf/#:~:text=In%20this%20phrase%20%E2%80%9Cpeptide%20mass,is%20often%20generated%20by%20trypsin.&text=It%20means%20that%20the%20digestion,protein%20from%20this%20information%20alone.
är det bästa jag kan hitta, men finns någon mer anlending? Klyver andra proteaser inte lika jämnt?
The protein of interest is digested by the proteolytic enzyme. Trypsin is the favored enzyme for PMF. It is relatively cheap, highly effective and generates peptides with an average size of about 8-10 amino acids, which is suitable for MS analysis.
De anledningarna är bra motivation. Trypsin är även standard för PMF och kit/protokoll är redan optimerade, det funkar för bra för att försöka laga.
Proteaserna varierar kraftigt i hur specifika de är, gällande den sekvens de känner igen. I princip är de som används som en del i att processa födan (för att öka näringsupptaget) ospecifika och kan oftast klyva de flesta protein på ett eller oftast flera ställen. Medans andra kräver en längre specifik sekvens, t.ex trombin - och dessa klyver endast i undantagsfall andra proteiner än deras ko-evolverade målprotein.
